Martín había alcanzado ya los sesenta años de edad, de los cuales 45 había pasado en la religión, sirviendo a Dios y a sus hermanos. Los trabajos y la dureza con que trataba su cuerpo lo habían envejecido antes de tiempo, sus rasgos se habían afinado y el paso se había tornado más lento. El ánimo en cambio permaneció entero y su prontitud para todo lo que fuese del agrado de Dios y el bien del prójimo no desmayaba; su mirada se había vuelto más dulce y aun cuando algunas veces sus fuerzas le traicionaban, él continuaba entregado a sus ocupaciones y no aminoraba el rigor de sus penitencias, como si no sintiera el inevitable peso de los años. Pero presentía que su fin se acercaba y esta noticia lo llenó de consuelo. Se vistió por aquellos días un hábito nuevo, aunque de cordellate áspero y, admirado el padre, fray Juan de Barbarán del caso, le dijo festivamente:

--¿De dónde acá, fray Martín vestido de gala? --Padre --respondió imperturbable--, con este hábito me han de enterrar.

No mucho después caía enfermo, pero no de tanta gravedad que no pudíera entregarse a algunas de sus ocupaciones. Posiblemente se juzgó que el mal no era otro sino el paludismo que en algunas ocasiones le asaltaba. Pero, al fin, hubo de rendirse por orden de sus superiores se acostó en su lecho, sin querer desprenderse de su túnica y cubriéndose con una frazada como solía, sin hacer uso de las sábanas. Llamado el médico del convento que lo era don Francisco Navarro, a quien en la ciudad se conocía por el remoque de Peromnia, le dijo llanamente que de esa enfermedad morirá. A otros muchos parece haberles anunciado su próximo fin, que aguardó con la paz y serenidad del justo. No rehuyó las medicinas, pero cuando se trató de probar algunas más costosas, opuso alguna resistencia no sólo por humildad sino, además , porque estaba convencido de sería cosa inútil. A juzgar por las declaraciones de los testigos, su mal vino a ser tabardillo que, por entonces, hacía estragos en la ciudad y vino a minar la ya gastada naturaleza de Martín hasta no dejar ya esperanza de su salud. Días y semanas le duró el achaque y cuando este se tornó grave ocurrió el episodio ya referido o sea la orden que le dio su superior de meterse entre sábanas y abandonar la túnica que le servía no tanto de abrigo cuanto de cilicio. Sólo en el trance de la muerte pidió al Prior, fray Gaspar de Saldaña, que le permitiese vestírsela antes de expirar, pero como algunos de los presentes observara, de modo que pudo oírle Martín, que los Siervos de Dios amaban los instrumentos que les sirvieron para merecer, no la quiso aceptar y al religioso que se la tría, le dijo: "Tape con ella esa vasija inmunda".

Cuando por la ciudad se esparció la noticia de la gravedad de su estado, empezaron a acudir al convenro cuantos le conocían y habían tenido trato familiar con él. Venían no sólo para ver morir a un Santo sino, sobre todo, para encomendarse en sus oraciones y asegurar su intercesión en el cielo. Martín recibía a todos con su afabilidad de siempre y tenía para todos palabras de consuelo.

Los más grandes personajes que se hallaban en Lima aquellos días no vacilaron en visitar la pobre celda del hermano dominico a fin de escuchar sus últimas palabras y recibir su bendición. El mismo Virrey, Conde de Chinchón, llegó hasta su pobre lecho y de rodillas besó la mano de aquel que se llamaba a sí mismo perro mulato.Confuso y apenado, porque su humildad se sentía herida, oyó cómo el magnate le rogaba interpusiese su valimiento ante Dios para acertar en el gobierno del reino y, especialmente, para servirle como debía en la tierra a fin de gozarle más tarde en el cielo. Momentos antes de recibir la visita del Virrey había recibido al más alto y poderoso señor, al Rey del cielo, a quien recibió en forma de viático en presencia de la comunidad. Una vez que recibió el adorable cuerpo del Redentor quedó como como extático y fuera de sí y en ese estado se hallaba todavía, cuando se presentó a la puerta de la celda el Conde. Este hubo de esperar que saliese de aquel transporte, no extrañado que un alma tan endiosada y favorecida de Dios fuese regalada con estos favores del cielo.

Algunos de sus amigos no querían apartarse de su celda y entre ellos Joaquín Ortiz, el cual, instado por los religiosos para que se fuese a descansar, quiso despedirse del Santo y al abrazarle éste, sintió que de su cuerpo se desprendiá un olor muy suave. Al sobrevenir la noche del día 3 de noviembre y cuando sólo unos pocos habían quedado en la celda, Francisco Paredes advirtió que un espasmo de todo el cuerpo sobrecogió al enfermo y todo él se cubría de copioso sudor.

Desde ese momento perdió todo el habla y al sobrevenirle de nuevo la convulsión, fray Francisco, pensando que se moriría, le preguntó si llamaría a la comunidad; Martín, con la cabeza, respondió que no. Por tercera le repitió el accidente y de nuevo le preguntó si era llegado el momento de llamar a los demás religiosos y esta vez contestó afirmativamente. Eran entre las 8 y 9 de la mañana y la comunidad acudió al punto a encomendarle el alma. Al entonar el Credo y llegar a las palabras et Homo factus est, acercó Martín el crucifijo a su boca y cerrando los ojos entregó su alma al Creador.

Volver