Una feliz circunstancia había permitido que en las informaciones depusieran testigos de mayor excepción, entre los cuales figuraban los directores del espíritu de Rosa, su propia madre y el Contador Gonzalo de la Maza. Con tales testimonios y la bien sentada fama de santidad que había dejado tras sí, no era posible dudar del éxito de su causa en cuanto dependía de los hombres. Dios intervino luego tornando su sepulcro glorioso y enalteciendo a la humilde flor del Rímac con la gracia de los milagros. Favor extraordinario fue el que Alejandro VII, por decreto de 24 de Setiembre de 1664, dispensase el tiempo que aun faltaba para la reanudación canónica de los procesos, a los cuales puso término, en su primera fase, la Sagrada Congregación de Ritos, declarando, el 3 de marzo de 1665, que constaba ciertamente de su santidad y virtudes en grado heroico. Muy pronto fue aprobado uno de los milagros presentados para su beatificación y ésta se hubiera llevado a cabo en breve a no haber ocurrido la muerte del Pontífice.

El Cardenal Julio Rospigliosi, elevado a la silla de Pedro con el nombre de Clemente IX en junio de 1667 era el llamado a beatificarla. En ese mismo año y en el mes de Octubre presidió la Congregación en que se habían de discutir los milagros presentados para su Beatificación en diciembre la convocó de nuevo para decidir si se podría proceder a la pública y solemne ceremonia.

El 15 de Abril de 1668 las sonoras y bien timbradas campanas de San Pedro invitaban al pueblo de Roma a participar en la solemne ceremonia de la Beatificación de Rosa de Santa María, Virgen limeña. No se trataba de un hecho desusado pero en las presentes circunstancias la fiesta tenía un atractivo que no se había visto en las demás. Algo de extraño había en ella que cautivaba con el imán de lo desconocido y los fieles acudían presurosos a la Basílica como si en su recinto hubiera de abrirse ante sus ojos el magnífico y deslumbrador panorama del Mundo descubierto por Colón. No era ciertamente la fantástica región que en las Historias se describía la que había de aparecer ante su vista pero, si el más rico tesoro del aurífero Perú.

Mientras esto ocurría en Roma, en Madrid preparaban a ensalzar a la Santa que España podía justamente considerar como suya. En Lima fortuna fue que se hallara gobernando el Perú un Virrey tan magnánimo como piadoso, el Excmo. Sr. Conde de Lemos, pues nada omitió éste para que las fiestas alcanzasen el mayor lucimiento. El 14 de Enero llegó a Lima la Bula de Beatificación y al punto, desde el Virrey y Arzobispo hasta el último ciudadano, todos se pusieron en movimiento para el triunfo de Rosa. El lunes, 29 de Abril, en lucidísima procesión como pocas veces se había visto en Lima, fue conducida la Bula bajo Palio del templo de Sto. Domingo a la Catedral formando en ella más de 600 religiosos, los Alcaldes y Regidores, los Tribunales y la Real Audiencia, presidida por el Conde de Lemos, cerrando el séquito las compañías de la guardia virreinal. Recibió el Arzobispo, acompañado de su Cabildo, a las puertas del templo a la comitiva y, una vez ocupados los asientos y leída en latín y castellano la Bula, se descorrió el velo que cubría la imagen de la Santa, ricamente vestida y rodeada de flores sobre ricas andas de plata labrada. A continuación se entonaron las vísperas y con ellas se puso término a la fiesta.

Clemente X pareció heredar de su antecesor el afecto a nuestra Santa. Tres meses llevaba de pontífice y el 11 de agosto de 1670 declaraba a Rosa celestial Patrona, no solo del Perú, pues ya era por decreto de Clemente IX, sino de toda la América, Indias y Filipinas. Un año más tarde, accediendo a las instancias que de todas partes se elevaban hasta su trono y después de haberse aprobado por la Sagrada Congregación de Ritos cuatro milagros obrados por su intercesión y debidamente comprobados, resolvió proceder a su canonización. No se oculta al Vicario de Cristo el destino providencial de esta Virgen, llamada a ser el fruto de santidad que la semilla de la palabra evangélica producía en este Nuevo Mundo.

Razón por la cual, decía, el Dispensador de todas 1as gracias, la llenó de espíritu de la celestial sabiduría y de tal modo inflamó su corazón en el amor divino que vino a recrear con su olor y a esclarecer con su luz toda la heredad del Señor.

Se señaló el día 12 de abril de 1671 para la augusta ceremonia. Fue voluntad del Papa que revistiera el acto inusitada pompa pues al lado de Rosa iban a ser elevados al honor máximo que la Iglesia concede a sus hijo, otros cuatro luminares de su cielo: Cayetano de Tiene, Luis Beltrán, Felipe Benicio y Francisco de Borja. Por su condición de mujer, Rosa tenía que aparecer la postrera en este rol de Santos, pero ya desde entonces empezó a cautivar los corazones de los fieles y ejerció una especie de encanto en todo el orbe cristiano. Así se explica la difusión de su culto. Sólo habían transcurrido 54 años de su feliz tránsito ya corría por todo el mundo su nombre, aureolado por celestiales luces. Un mundo, o mejor diré, una gran parte de él, la aclamaba por su Patrona y su gloria, siguiendo al sol en su carrera, no podía eclipsarse, pues le servirían de escabel dos continentes.

En Madrid y otras ciudades de España se repitieron las festiva aclamaciones de la fecha en que fue beatificada, tocándole luego el turno a la América y, en especial a Lima.

El resplandor de su gloria en el cielo llegaba hasta la tierra y doró con sus reflejos toda la vasta extensión de la monarquía hispana y la universal Iglesia, pero sus rayos más lucientes vinieron a posarse sobre la ciudad que mereció contarla entre sus hijos y que añadía este nuevo y purísimo timbre a los demás de su escudo.