Es el templo de Santo Domingo, decorado con el título de BASÍLICA por el Papa Pío XI el año 1929, uno de los más venerados y concurrido Santuario de Lima. Como iglesia de los Religiosos Dominicos, está unida a su historia, a su vida espiritual y centro de irradiación de su apostolado.
A lo largo de su más de cuatrocientos cincuenta años, ha sufrido varias transformaciones y restauraciones, debido especialmente a los grandes terremotos que afectaron a la ciudad; sin embargo según los técnicos, es el más a conservado algunas de sus características prebarrocas. Cuando los grandes conventos, en el siglo XVII, se propusieron agrandar sus templos, " a la hora de hacer reformas en la planta de las iglesias, los dominicos procedieron en sentido contrario a los demás frailes limeños; en el año 1633, hicieron un contrato para alargar el CORO". De este modo se copó todo el lugar que podría haber servido para una gran portada, como sucede en los otros grandes templos, carece de un vestíbulo amplio entre las naves y el exterior; además se conservaron, al final de las dos naves laterales, las capillas cerradas.
Sólo después de 1650, se hicieron los principales cambios estructurales en el templo, bajo la dirección de el dominico Diego Maroto. Se amplió la zona del altar mayor y del crucero: se derribaron las capillas laterales; se cambió el altar de la Virgen del Rosario al lado del Evangelio y en otro, el altar de la nueva Santa, Rosa de Santa María.
Los altares primitivos, durante el primer siglo, eran del estilo plateresco renacentista. Posteriormente llegó la influencia barroca, y los altares de este templo fueron de los más admirados por sus bellos retablos tallados y dorados. Más que a ningún templo, el modernismo del siglo pasado barrió con todos estos altares y los sustituyó, bajo la influencia de Matías Maestro (1766 - 1835), por los actuales altares de estilo clásico Italiano; lo mismo sucedió con toda su cubierta, cuya bóveda de crucería fue tapada con un tablado de adorno y pinturas; que felizmente en la restauración de fines del siglo pasado se descubrieron sus cúpulas y bóvedas del siglo XVII. Después de cinco años de arduo esfuerzo, se inauguró el templo restaurado el año de 1903. La última restauración, que ha recibido el templo fue después del gran terremoto de 1940.
El altar mayor, de estilo greco romano. Sus arcos, columnas, capiteles, la gran venera central y demás detalles arquitectónicos están finamente pintados con dorado a la porcelana por el artista Italiano Francisco Scicali. En el centro del altar,  hay  un artístico Cristo Crucificado de tamaño natural. Es el "Cristo de la Agonía", obra de Juan Martínez Montañez. Dentro del semicírculo cóncavo, que corona el altar, se ve en relieve a la Virgen y al Niño entregando el Rosario a Santo Domingo. Adornan el presbiterio dos grandes pinturas del artista nacional Guillermo Samanez, representan la impresión de los estigmas de Cristo a San Francisco de Asís y a Santa Catalina de Siena.
En el altar del Evangelio, está la Imagen de la Virgen del Rosario, es una de las más bellas tallas policromadas que tiene el Perú.

Fue regalada al Perú por Carlos V. Durante la Colonia fue declarada Patrona y Protectora del Virreinato. Tuvo grandes y famosas Cofradías, en donaciones y joyas fue de las más ricas. Ante ella rezaron santos, virreyes, presidentes, héroes. Con razón fue coronada pontificia solemnemente el 2 de Octubre de 1927. De los labios de la imagen del Niño brotaron aquellas palabras a Santa Rosa: "Rosa de mi corazón, sé tú mi esposa". Todo el altar resplandece por los adornos y por las flores que todo el año luce, como expresión de amor de sus devotos. Sus grandes columnas están doradas a lo porcelana; y muchos de sus elementos y adornos están revestidos de plata, como las delicadas columnas del templete. Como corona, se destaca en la parte superior, dentro de una artística decoración, el famoso Cristo de los Agüero, denominado el "Cristo de la Conquista".

El coro alto, con su bella sillería nos hace rememorar la solemnidad de la liturgia dominicana; aquel coro de cien sillas conserva, sin duda, el eco de las voces sonoras de cientos de frailes que varias veces al día, al son de la campana, allí se reunieron. Aquellas, ahora solitarias sillas, alineadas coro contra coro, ayudaban a los hermanos en el desafío de elevar sus voces hacia Dios; ellos estaban ordenados según su autoridad, sus títulos, antigüedad, y al final los estudiantes y los hermanos cooperadores, en asientos bajos y sencillos; entre ellos rezaría alguna vez Fr. Martín de Porres.

Con la ampliación hecha en el siglo XVII por Diego de Maroto, el coro mide catorce metros de largo por doce de ancho. Es uno de los mejores coros que tiene el Perú. Son cincuenta y una sillas altas y veintinueve bajas; además se colocaban unas robustas bancas que aumentaban su capacidad. La sillería alta es un alarde de arte en imaginería religiosa que nos presenta los santos más venerados: apóstoles, mártires, predicadores, vírgenes se aúnan a los rezos de la comunidad. Son tallas de cedro en medio relieve, enmarcadas entre cornisas y columnitas delicadas. Es obra de Pedro de Noguera y sus discípulos. El coro termina en una elegante baranda semicircular tallada, pintada y dorada.